En el acuario de arrecife, la roca viva actúa como filtración biológica "completa", es decir, permite prescindir totalmente de todo tipo de filtro biológico externo a la propia vida de las rocas.

Suelen estar formadas por restos de Madreporas colonizadas por toda una serie de microorganismos por lo que deben ser manipuladas como cualquier otro tipo de organismo tropical vivo.

Poseen también un papel decorativo y de estructura para la posterior colocación de los corales, siendo su principal función gracias a su especial vida interior, a base de bacterias anaeróbicas, la reducción total de los nitratos, y por lo tanto la canalización de los diferentes nutrientes al igual que ocurre en la naturaleza.

La mejor opción es adquirir "roca viva" recolectada y enviada en el momento, con estructuras ligeras y lo más porosas posibles. La roca acumulada en acuarios para su venta, muchas veces pierde gran parte de su valor, ya que suelen estar mal iluminadas, las algas calcáreas han desaparecido y los microorganismos han cesado su actividad, debido a la competencia de los filtros externos de estos acuarios.

El inconveniente de utilizar roca viva recién llegada es la limpieza y su acondicionamiento.

Nada más llegar conviene eliminar con ayuda de un cepillo todo resto orgánico muerto, de esponjas , algas, corales muertos y predadores como algunos cangrejos , gusanos, etc..

Un cepillado y un enjuague posterior que elimine la sedimentación con agua de mar a 25 C, antes de su introducción en el acuario es indispensable. Aún y todo, este proceso inicial no podrá evitar la clásica subida de nitritos. En este periodo, de varias semanas, todos los aparatos como el espumador y las bombas de agitación con sus prefiltros mecánicos deben de estar en funcionamiento y mantenidos adecuadamente. La utilización de carbón activo durante este periodo inicial de maduración y sedimentación de la roca viva puede ser de gran ayuda. Una vez pasado este periodo se puede proceder a la colocación del fondo de arena y a comenzar a poblar el acuario.

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