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Un alimento está alterado cuando en él se presentan cambios sustanciales o cualquier tipo de modificación que limita su aprovechamiento.  El alimento alterado tiene modificadas sus características organolépticas y no son aptos para el consumo, sin que ello suponga que son peligrosos para la salud.

Según la facilidad con la que se alteran los alimentos los podemos clasificar en : 

• Estables o no perecederos .-Son aquellos que contienen menos de un  12% de agua libre como el  azúcar, harina, alubias secas..
• Semiperecederos .- Contienen menos de un 60% de agua libre o tienen ácidos o azúcares que dificultan el desarrollo microbiano, como las patatas,  manzanas,  nueces sin cascara....si se manipulan y conservan de forma adecuada tardan en alterarse
• Perecederos .- se alteran con facilidad si no se utilizan procedimientos de conservación específicos.

Los agentes que provocan este fenómeno de alteración, son principalmente los siguientes:

1. Agentes físicos: son generalmente los atmosféricos, tales como el grado de humedad, la temperatura y el tiempo.

2. Agentes químicos: el oxígeno del aire y la luz, que provocan fenómenos de oxidación.

3. Agentes biológicos: como son las enzimas propias del producto y las procedentes de las bacterias, levaduras y mohos. También han de considerarse otros agentes como parásitos, roedores...En la mayoría de los casos los agentes actúan combinados. A veces los procesos degradativos causados por agentes biológicos bajo control, son aprovechados por el hombre par la conservación o transformación de los alimentos.

Los microorganismos que alteran a los alimentos poseen un origen y unas propiedades bioquímicas que, por lo general, son diferentes a los microorganismos de interés sanitario. No existe, pues, paralelismo entre las modificaciones de los caracteres organolépticos de los alimentos llevadas a cabo por cada uno de estos grupos. Por lo general medidas que son eficaces para controlar el crecimiento de los microorganismos causantes de enfermedades transmitidas por los alimentos, no lo son necesariamente para evitar el crecimiento de los que causan alteraciones. Por el contrario, la inhibición del crecimiento de los microorganismo productores de alteraciones, especialmente por una refrigeración adecuada, también es efectiva en la mayoría de los casos para controlar el crecimiento de los microorganismos patógenos.

Afortunadamente, la simple contaminación no suele suponer riesgos para el consumidor y tampoco es capaz de ocasionar la alteración de los alimentos. El principal peligro derivado de la contaminación de los alimentos por microorganismos surge de la posibilidad de su posterior multiplicación. Por lo general, resulta muy difícil evitar la contaminación de los alimentos, por lo que las medidas prácticas tienden fundamentalmente a inhibir o reducir la multiplicación de los microorganismos contaminantes.

Se ha demostrado experimentalmente que de las mucha especies de microorganismos que pueden encontrarse inicialmente en un alimento, únicamente unas pocas tienen la capacidad de multiplicarse en las condiciones concretas que ofrece el alimento y el medio ambiente donde se encuentra. Los factores que influyen en la selección de esta microflora presente inicialmente son:

1. Los factores intrínsecos, que son la expresión de las propiedades físicas, y de la composición química del alimento. El PH, la humedad que se expresa como actividad de agua, esta actividad está en equilibrio con la humedad relativa del ambiente, de forma que el alimento puede absorber agua, o desecarse si la humedad externa es mayor o menor que la del alimento, el poder oxidante o reductor del alimento,  la cantidad de nutrientes y la presencia de sustancias inhibidoras o barreras físicas son los factores principales. El grado de humedad de los alimentos, es uno de los factores mas importantes a tener en cuenta a la hora de programar su conservación,

2. Los tratamientos tecnológicos  a los que haya sido sometido el alimento, que originan una modificación de lo microflora inicial.

3. Factores extrínsecos, que son los propios del medio ambiente donde se conserva el alimento, temperatura, humedad...

4. Factores implícitos, que son las relaciones de dependencia entre los microorganismos presentes en los alimentos,  los antagonismos o sinergismos  que se establezcan entre ellos.

En la actualidad se dan una serie de circunstancias que favorecen la aparición de alimentos contaminados como: la necesidad de abastecer a grandes núcleos de población, la aplicación de tecnología sofisticada para la preparación y conservación de los alimentos con el consiguiente riesgo de fallos técnicos o humanos en dichos procesos, el mayor uso de los comedores colectivos, el uso de alimentos precocinados, el número cada vez mayor de personas que entran en contacto con los alimentos desde su origen a su consumo....Todo ello nos da una idea de  la necesidad del control higiénico de los alimento.